平安時代末期，宇陀天皇（9世紀末）來訪時，該地區流行惡疾，許多人死亡，有神諭說：“如果建造神社，供奉五頭天王” ，壞病就會痊癒。”做到了。據說這位神能驅除災難和流行病，所以當他立即供奉在那裡時，疾病立即就結束了。據說這座神社最初建在這裡，供奉為五頭天王神社。後來，10世紀末，高槻城建成，五頭天王神社被當時的城主尊為高槻城的守護神。而且，高山右近成為高槻城城主時，因為信仰基督教，破壞了高槻城內本公司的神社建築，並沒收了公司的領地。 1619年（元和5年），高槻城城主鬆平紀茂神重建了正殿。此後，供奉能美須久根命，並改名為「能美神社」。